クリーンベンチを使えば、無菌操作は非常に楽になるが、これはクリーンベンチを使うことで無菌操作が保証されるということではないことに注意すべきである。実際、外から持ち込んだ器具はすべて、一旦は滅菌されていても外気に触れたとたんにその状態はなくなるものと考えなければならない。乾熱滅菌した器具は無菌であっても、器具を包んでいる包装の表面は外気に触れた時点で無菌ではなくなっているため、クリーンベンチ内でもそれらを置いた回りは無菌ではない可能性があるし、人体や衣服を完全に無菌化するのは難しい。様々な器具を扱う際には無菌操作の手順や心得があるが、それらはクリーンベンチ内でも忘れてはならない。また、空気の流れによって無菌が作られているので、操作の際には風の流れを乱さないようにすることにも配慮が必要である。
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しかし、少なくとも手元より奥のスペースにおいては、上からのコンタミネーションはないのが保証されているので、たとえば寒天培地の平板を作った場合、そのままでは表面に遊離水が出るので、このスペースで蓋を開いて置き、表面を乾燥させるのには便利である。
なお、クリーンベンチは無菌状態を保つものであり、作り出すわけではないことにも注意が必要である。稼働を始める前にはまず消毒する必要があるし、ものを持ち込む事にも注意が必要である。クリーンベンチ内に虫が住み着いていたなどという論外な話もある。